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2020 Articolo in rivista restricted access

In the search of potential epitopes for Wuhan seafood market pneumonia virus using high order nullomers

Alarms periodically emerge for viral pneumonia infections due to coronavirus. In all cases, these are zoonoses passing the barrier between species and infect humans. The legitimate concern of the international community is due to the fact that the new identified coronavirus, named SARS-CoV-2 (previously called 2019-nCoV), has a quite high mortality rate, around 2%, and a strong ability to spread, with an estimated reproduction number higher than 2. Even though all countries are doing their utmost to stop the pandemic, the only reliable solution to tackle the infection is the rapid development of a vaccine. For this purpose, the means of bioinformatics, applied in the context of reverse-vaccinology paradigm, can be of fundamental help to select the most promising peptides able to trigger an effective immune response. In this short report, using the concept of nullomer and introducing a distance from human self, we provide a list of peptides that could deserve experimental investigation in the view of a potential vaccine for SARS-CoV-2.

Nullomers, Peptide-HLA, Immunoinformatics, Viral genomes, SARS-CoV-2, Self/Non-Self
2020 Articolo in rivista open access

Geometric Numerical Integration in Ecological Modelling

A major neglected weakness of many ecological models is the numerical method used to solve the governing systems of differential equations. Indeed, the discrete dynamics described by numerical integrators can provide spurious solution of the corresponding continuous model. The approach represented by the geometric numerical integration, by preserving qualitative properties of the solution, leads to improved numerical behaviour expecially in the long-time integration. Positivity of the phase space, Poisson structure of the flows, conservation of invariants that characterize the continuous ecological models are some of the qualitative characteristics well reproduced by geometric numerical integrators. In this paper we review the benefits induced by the use of geometric numerical integrators for some ecological differential models.

geometric numerical integration positive methods Poisson integrators
2020 Articolo in rivista restricted access

One-dimensional turbulence with Burgers

Roberta Bianchini ; AnneLaure Dalibard

Gathering together some existing results, we show that the solutions to the one-dimensional Burgers equation converge for long times towards the stationary solutions to the steady Burgers equation, whose Fourier spectrum is not integrable. This is one of the main features of wave turbulence.

turbulence Burgers
2020 Rapporto tecnico metadata only access

L'educazione al tempo dell'incertezza.

Estratto della chat pubblica di cui l'autrice era moderatrice per il primo tavolo partecipato "L'educazione al tempo dell'incertezza" svolto nell'ambito del progetto Officina 2020 CNR-IRPSS e "Futures of Education. Learning to become" dell'UNESCO con la partecipazione della consulta Studenti di Roma.

educazione incertezza 2050 unesco focus group
2020 Rapporto tecnico metadata only access

L'educazione al tempo dell'incertezza

Estratto della chat pubblica di cui l'autrice era moderatrice per il secondo tavolo partecipato svolto nell'ambito del progetto Officina 2020 CNR-IRPSS e "Futures of Education. Learning to become" dell'UNESCO con la partecipazione di esperti del tema.

Officine educazione futuri incertezza
2020 Rapporto tecnico metadata only access

Competenze di cittadinanza ed insegnamento CLIL

Estratto della chat pubblica di cui l'autrice era moderatrice per il secondo tavolo partecipato svolto nell'ambito del progetto Officina 2020 CNR-IRPSS e "Futures of Education. Learning to become" dell'UNESCO con la partecipazione di esperti del tema.

educazione cittadinanza insegnamento CLIL futuri
2020 Rapporto tecnico metadata only access

Futuri di cittadinanza scientifica e global science opera

Estratto della chat pubblica di cui l'autrice era moderatrice per il quarto tavolo svolto nell'ambito del progetto Officina 2020 CNR-IRPSS e "Futures of Education. Learning to become" dell'UNESCO con la partecipazione di esperti del tema.

futuri cittadinanza global science opera educazione
2020 Rapporto tecnico metadata only access

Il POR FESR della Regione Lazio nella Strategia Europa 2020

Il report fornisce una panoramica del Fondo Europeo per lo Sviluppo Regionale, particolarmente nel Programma Operativo Regionale del Lazio, a partire dalla Strategia Europa 2020 (obiettivi, iniziative faro, principi di programmazione) e dai fondi strutturali UE (tipologia, principi orizzontali, quadro strategico comune, programmi operativi nazionali e gestione dei fondi), delineandone obblighi di informazione e pubblicità.

POR FESR Regione Lazio Europa 2020
2020 Rapporto tecnico metadata only access

Linee guida per la gestione del POR FESR Lazio in un OdR: Aerospazio e Sicurezza e Life 2020

Il report analizza le principali linee guide relative alla gestione amministrativa, finanziaria e documentale, con particolare riferimento alle procedure relative agli Organismi di Ricerca Pubblica, dei progetti finanziati attraverso gli avvisi POR FESR Lazio "Aerospazio e Sicurezza" e "Life 2020", con i quali sono stati finanziati i due progetti COURIER, COUntering RadIcalism InvEstigation platfoRm e ClinAIR TECH, Clean Indoor Air Technologies, di cui l'Istituto per le Applicazioni del Calcolo "M. Picone" è partner in qualità di Organismo di Ricerca Pubblico.

POR FESR Lazio Organismo di Ricerca
2020 Rapporto tecnico metadata only access

Pagina facebook Comunicazione.Cnr. Progettazione, Realizzazione, gestione ed elaborazione dati

Il rapporto tecnico fornisce una panoramica dei risultati raggiunti dalla pagina facebook Comunicazione.Cnr per il periodo di gestione da parte dell'autrice in coordinamento con l'Unità Comunicazione e relazioni con il pubblico del CNR. Il periodo di analisi dati insight di facebook è 9 marzo 2020 al 26 marzo 2020 (pagina ed eventi facebook). Il report descrive anche le rubriche attivate a partire dal 9 marzo 2020 e gestite dall'autrice in coordinamento con la Responsabile dell'Unità: #lezionidiscienza, nel cui ambito è stato definito anche #lezionidiscienzaraddoppia e #lezionidiscienzayong; Comunicazione.cnr Live, nel cui ambito è stato sviluppato il contenitore Comics&Science on air assieme ad altre dirette; #scienzasulbalcone. Il rapporto è composto da un'analisi delle attività svolte e dei risultati conseguiti e dai dati social di riferimento allegati.

facebook comunicazione social network
2020 Rapporto tecnico metadata only access

Campagna promozionale "Il grande cuore della serie B". Principali dati Pagina Facebook Comunicazione.Cnr

Estrazione dati della campagna promozionale.

campagna serie B facebook
2020 Contributo in volume (Capitolo o Saggio) metadata only access

La comunicazione pubblica di scienza e tecnologia per la partecipazione sociale al 2050

La comunicazione pubblica di scienza e tecnologia migliora l'alfabetizzazione scientifica dei cittadini I suoi modelli di classificazione forniscono un quadro interpretativo a partecipazione crescente, arrivando con la citizen science a definire pratiche dei cittadini di eseguire la scienza e degli scienziati di lavorare con essi. La scienza digitale, inoltre, amplia le possibilità di apertura di scienza e innovazione nella società grazie alla trasformazione attivata dai servizi e dagli strumenti delle tecnologie dell'informazione e della comunicazione e supporta alfabetizzazione digitale e ai media. Il contributo seleziona e analizza azioni specifiche del recente studio "Work/Technology 2050. Scenarios and Actions" del Millennium Project che possono migliorare comunicazione pubblica di scienza e tecnologia e scienza dei cittadini e digitale, rielaborando i suggerimenti forniti dalle centinaia di esperti che vi hanno partecipato e proponendo in conclusione di integrare queste attività per un'alfabetizzazione partecipativa. La comunicazione pubblica di scienza e tecnologia migliora l'alfabetizzazione scientifica dei cittadini I suoi modelli di classificazione forniscono un quadro interpretativo a partecipazione crescente, arrivando con la citizen science a definire pratiche dei cittadini di eseguire la scienza e degli scienziati di lavorare con essi. La scienza digitale, inoltre, amplia le possibilità di apertura di scienza e innovazione nella società grazie alla trasformazione attivata dai servizi e dagli strumenti delle tecnologie dell'informazione e della comunicazione e supporta alfabetizzazione digitale e ai media. Il contributo seleziona e analizza azioni specifiche del recente studio "Work/Technology 2050. Scenarios and Actions" del Millennium Project che possono migliorare comunicazione pubblica di scienza e tecnologia e scienza dei cittadini e digitale, rielaborando i suggerimenti forniti dalle centinaia di esperti che vi hanno partecipato e proponendo in conclusione di integrare queste attività per un'alfabetizzazione partecipativa.

comunicazione pubblica scienza tecnologia partecipazione sociale
2020 Rapporto tecnico metadata only access

Report Attività Svolte IAC/CNR

Relazione fine secondo anno assegno di ricerca CNR-IAC di tipologia A) "assegni professionalizzanti" nell'ambito del progetto europeo ERC Advanced Grant "COPMAT" (GA _N. 739964), con elenco attività svolte e analisi dei risultati raggiunti e dei prossimi passi. Periodo 18/06/2019 - 17/06/2020.

attività
2020 Rapporto di progetto metadata only access

iPC Period 1. Impostazione rendiconto

Il report contiene l'impostazione del rendiconto del primo periodo del progetto iPC, individualized Pediatric Cure: Cloud-based virtual patient models for precision pediatric oncology" (GA n 826121; Call H2020-SC1-DTH-2018-1, per il periodo di rendiconto gennaio 2019 - giugno 2020), comprensivo anche del dettaglio relativo ai costi di personale strutturato e non strutturato (costi diretti), viaggio ed equipment (altri costi diretti) e il complessivo dei costi indiretti, e del complessivo dei costi del periodo 1. Per ognuno dei costi, inoltre, è presente l'elenco dei materiali raccolti e le cose da fare per completare il rendiconto entro agosto 2020.

Pediatric Cure rendiconto costi diretti costi indiretti periodo 1
2020 Rapporto tecnico metadata only access

Report attività tecnico-scientifiche

Relazione primo mese del terzo anno assegno di ricerca CNR-IAC di tipologia A) "assegni professionalizzanti" nell'ambito del progetto europeo ERC Advanced Grant "COPMAT" (GA _N. 739964), con elenco attività svolte e analisi dei risultati raggiunti. Periodo 18/06/2020 - 14/07/2020.

attività
2020 Articolo in rivista metadata only access

Comparison of Different Reweighting Approaches for the Calculation of Conformational Variability of Macromolecules from Molecular Simulations

Medeiros Selegato D ; Bracco C ; Giannelli C ; Parigi G ; Luchinat C ; Sgheri L ; Ravera E

Conformational variability and heterogeneity are crucial determinants of the function of biological macromolecules. The possibility of accessing this information experimentally suffers from severe under-determination of the problem, since there are a few experimental observables to be accounted for by a (potentially) infinite number of available conformational states. Several computational methods have been proposed over the years in order to circumvent this theoretically insurmountable obstacle. A large share of these strategies is based on reweighting an initial conformational ensemble which arises from, for example, molecular simulations of different qualities and levels of theory. In this work, we compare the outcome of three reweighting approaches based on radically different views of the conformational heterogeneity problem, namely Maximum Entropy, Maximum Parsimony and Maximum Occurrence, and we do so using the same experimental data. In this comparison we find both expected as well as unexpected similarities.

PROTEIN FOLDING
2020 Working paper metadata only access

the hilbert transform in signal processing

Maria Rosaria Capobianco ; Giuliana Criscuolo

Convergence of new quadrature rules for approximating the Hilbert transform are given. Numerical tests show the goodness of such approximations

Hilbert Transfom Quadrature Rule Signal processing
2020 Working paper metadata only access

(Real-Time) Embedded (ELF band) FSK-PSK Demodulator based on Hilbert Transform

This paper describes a signal processing application an embedded hardware platform, based on Hilbert transform method for demodulation of digital signals.

hilbert transform signal processing demodulation
2020 Contributo in volume (Capitolo o Saggio) restricted access

Mathematical Models and Methods for Crowd Dynamics Control

Albi G ; Cristiani E ; Pareschi L ; Peri D

In this survey we consider mathematical models and methods recently developed to control crowd dynamics, with particular emphasis on egressing pedestrians. We focus on two control strategies: the first one consists in using special agents, called leaders, to steer the crowd towards the desired direction. Leaders can be either hidden in the crowd or recognizable as such. This strategy heavily relies on the power of the social influence (herding effect), namely the natural tendency of people to follow group mates in situations of emergency or doubt. The second one consists in modify the surrounding environment by adding in the walking area multiple obstacles optimally placed and shaped. The aim of the obstacles is to naturally force people to behave as desired. Both control strategies discussed in this paper aim at reducing as much as possible the intervention on the crowd. Ideally the natural behavior of people is kept, and people do not even realize they are being led by an external intelligence. Mathematical models are discussed at different scales of observation, showing how macroscopic (fluid-dynamic) models can be derived by mesoscopic (kinetic) models which, in turn, can be derived by microscopic (agent-based) models.

Crowd control crowd dynamics Mathematical models optimization Pedestrian dynamics Shape optimization
2020 Articolo in rivista metadata only access

An Early Stage Researcher's Primer on Systems Medicine Terminology

Massimiliano Zanin ; Nadim AA Aitya ; José Basilio ; Jan Baumbach ; Arriel Benis ; Chandan K Behera ; Magda Bucholc ; Filippo Castiglione ; Ioanna Chouvarda ; Blandine Comte ; TienTuan Dao ; Xuemei Ding ; Estelle PujosGuillot ; Nenad Filipovic ; David P Finn ; David H Glass ; Nissim Harel ; Tomas Iesmantas ; Ilinka Ivanoska ; Alok Joshi ; Karim Zouaoui Boudjeltia ; Badr Kaoui ; Daman Kaur ; Liam P Maguire ; Paula L McClean ; Niamh McCombe ; João Luís de Miranda ; Mihnea Alexandru Moisescu ; Francesco Pappalardo ; Annikka Polster ; Girijesh Prasad ; Damjana Rozman ; Ioan Sacala ; Jose M SanchezBornot ; Johannes A Schmid ; Trevor Sharp ; Jordi SoléCasals ; Vojtch Spiwok ; George M Spyrou ; Egils Stalidzans ; Bla Stres ; Tijana Sustersic ; Ioannis Symeonidis ; Paolo Tieri ; Stephen Todd ; Kristel Van Steen ; Milena Veneva ; DaHui Wang ; Haiying Wang ; Hui Wang ; Steven Watterson ; KongFatt WongLin ; Su Yang ; Xin Zou ; Harald HHW Schmidt

Background: Systems Medicine is a novel approach to medicine, i.e. an interdisciplinary field that considers the human body as a system, composed of multiple parts and of complex relationships at multiple levels, and further integrated into an environment. Exploring Systems Medicine implies understanding and combining concepts coming from diametral different fields, including medicine, biology, statistics, modelling and simulation, and data science. Such heterogeneity leads to semantic issues, which may slow down implementation and fruitful interaction between these highly diverse fields. Methods: In this review we collect and explain over one hundred terms related to Systems Medicine. These include both modelling and data science terms and basic systems medicine terms, along with some synthetic definitions, examples of applications, and lists of relevant references. Results: This glossary aims at being a first aid kit for the Systems Medicine researcher facing an unfamiliar term, where he/she can get a first understanding of them, and, more importantly, examples and references for keep digging into the topic.

systems medicine